Το μέλλον της ανθρωπότητας ισορροπεί στην κόψη της λεπίδας. Ρημαγμένη από παράξενα, πανίσχυρα πλάσματα, η Γη εγκαταλείφθηκε από τους κατοίκους της. Ό,τι έχει απομείνει από το ανθρώπινο γένος έχει βρει καταφύγιο σε μια Αποικία στο απώτερο διάστημα. Η EVE καταφτάνει από την Αποικία στα ερείπια του πλανήτη μας με μια ξεκάθαρη αποστολή: να σώσει την ανθρωπότητα απαλλάσσοντας τη Γη από τα Naytiba, την καταχθόνια απειλή που την έχει καταστρέψει. Καθώς όμως η EVE πολεμά τα Naytiba ένα προς ένα, αποκαλύπτοντας τα μυστήρια που κρύβονται στα ερείπια του ανθρώπινου πολιτισμού, συνειδητοποιεί ότι η αποστολή της δεν είναι καθόλου ξεκάθαρη τελικά. Για την ακρίβεια, τίποτα δεν είναι όπως φαίνεται…